Kaplica Sanktuarium stwarza atmosferę intymności spotkania ze świętym Janem Pawłem II i jego głęboką wiarą w Jezusa Chrystusa. Piękne i posiadające głęboką teologiczną wymowę mozaiki pokrywające ściany kaplicy wspaniale ilustrują Tajemnice Światła, które zostały dodane do modlitwy różańcowej przez Papieża Jana Pawła II w 2002 roku. Te sceny przedstawiają zwycięstwo Bożego światła, pokazując jak Chrystus Oblubieniec wyzwolił ludzkość z ciemności i przemienił Kościół, swoją Oblubienicę. Każda tajemnica odpowiada scenie z Pisma Świętego i służy do rozwinięcia tematu do dalszej refleksji.
Projekt ołtarza w Kaplicy Tajemnic Światła jest taki sam jak ołtarz w kościele Redemtor Hominis – jest nawet wyrzeźbiony z tego samego bloku marmurowego – ale różni się jednym znaczącym szczegółem: św. Piotr jest zastąpiony przez swojego następcę, św. Jana Pawła II, którego uosabiają jego relikwie. W ołtarzu znajdują się również relikwie czworga świętych beatyfikowanych lub kanonizowanych przez papieża Jana Pawła II: św. Maksymiliana Kolbe, św. Alberta Chmielowskiego, św. Faustyny Kowalskiej i św. Gianny Beretty Molla.
