La chapelle du sanctuaire offre un espace de rencontre intime avec Saint Jean-Paul II et sa profonde foi dans Jésus Christ. Les magnifiques mosaïques aux accents intensément théologiques qui ornent les murs de la chapelle décrivent brillamment les Mystères lumineux, qui ont été ajoutés au Rosaire par le Pape Jean-Paul II en 2002. Ces scènes décrivent la victoire de la lumière de Dieu en illustrant la manière dont le Christ l'époux a libéré l’humanité de l’obscurité et l’a ainsi transformée en l’Église, son épouse. Chaque mystère correspond à une scène des écritures pour détailler davantage son thème.
L’autel de la Chapelle des Mystères lumineux est de conception identique à l’autel de l’Église Redemptor Hominis, et a d'ailleurs été sculpté dans le même bloc de marbre, excepté une différence significative : la place de St Pierre est désormais occupée par son successeur, Saint Jean-Paul II, sous la forme de sa relique. L’autel contient également les reliques de quatre saints béatifiés ou canonisés par le Pape Jean-Paul II : Saint Maximilian Kolbe, Saint. Albert Chmielowski, Sainte Faustina Kowalska, et Sainte Gianna Beretta Molla.
