La capilla del Santuario proporciona un espacio de íntimo encuentro con San Juan Pablo II y su profunda fe en Jesucristo. Los mosaicos que llenan las paredes de la capilla, hermosos y profundamente teológicos, describen brillantemente los Misterios Luminosos, que fueron añadidos al Rosario por el Papa Juan Pablo II en 2002. Estas escenas retratan la victoria de la luz de Dios, al ilustrar cómo Cristo, el Novio, ha liberado a la humanidad de la obscuridad y así la transformó en la Iglesia, Su Novia. Cada misterio corresponde a una escena de la Escritura para ampliar su tema adelante.
El altar en la Capilla de los Misterios Luminosos es idéntico en diseño al altar de la iglesia Remptor Hominis, incluso tallado en el mismo bloque de mármol, pero con un cambio significativo: la posición de San Pedro es ahora ocupada por su sucesor, San Juan Pablo II, en la forma de su reliquia. El altar también contiene reliquias de cuatro santos beatificados o canonizados por el Papa Juan Pablo II: San Maximiliano Kolbe, San Alberto Chmielowski, Santa Faustina Kowalska y Santa Gianna Beretta Molla.
